La natamicina è utilizzata come conservante nell'industria alimentare.Viene comunemente impiegato nella conservazione di vari prodotti alimentari, come formaggi, salumi e prodotti da forno.La natamicina è efficace contro un'ampia gamma di funghi e lieviti, rendendola una scelta popolare per prevenire il deterioramento e prolungare la durata di conservazione degli alimenti deperibili.